Piotr Werner jest absolwentem Wydziału Geografii i Studiów Regionalnych Uniwersytetu Warszawskiego (magister geografii, 1979). Rozprawę doktorską pt. „Zróżnicowanie struktury przestrzennej przemysłu środków informatyki w Polsce, 1965-1980” obronił w 1984 r. w Instytucie Geografii i Przestrzennego Zagospodarowania PAN. W 2003 r. na WGiSR uzyskał stopień doktora habilitowanego w dziedzinie nauk o Ziemi za rozprawę pt. „Geograficzne uwarunkowania rozwoju infrastruktury społeczeństwa informacyjnego w Polsce”.
Piotr Werner był stypendystą Komisji Wspólnot Europejskich na Uniwersytecie w Utrechcie w Holandii. Od wielu lat związany jest z WGiSR UW. Obecnie zajmuje stanowisko profesora nadzwyczajnego i kieruje Pracownią Systemów Informacji Przestrzennej.
Jest autorem kilkudziesięciu artykułów naukowych i publikacji książkowych o tematyce zastosowań technologii informacyjnych i komunikacyjnych, rozwoju społeczeństwa informacyjnego i GIS. Specjalizuje się w zakresie metodyki i zastosowań systemów geoinformacyjnych, w tym: metod analizy, modelowania i symulacji danych przestrzennych, z uwzględnieniem problematyki monitoringu i czynników zmian użytkowania ziemi, zagrożeń naturalnych związanych ze zmianami klimatu oraz wykorzystania tradycyjnych i alternatywnych źródeł energii.
Piotr Werner jest członkiem Komisji Geoinformatyki Polskiej Akademii Umiejętności, Polskiego Towarzystwa Informacji Przestrzennej oraz Polskiego Towarzystwa Geograficznego.
